Отделы
Отдел древней истории и материальной культуры Узбекистана
Отдел создан в 1998 г. после принятия Постановления Кабинета Министров РУз «Об улучшении деятельности Института истории АН РУз». Отдел возглавил один из ведущих археологов республики проф. Р.Х. Сулейманов, а с 2003 г. – академик АН РУз Юрий Федорович Буряков.
Отдел современной истории и международных исследований
Постановлением Президиума Академии наук Республики Узбекистан, принятого в марте 1996 года, в структуре Института истории АН РУз был образован отдел «Истории Узбекистана периода независимости».
Отдел истории Узбекистана средневекового периода
Создан в 1943 году одновременно с институтом Истории АН РУз. С первых дней до 1977 года отделом заведовал академик Я.Г. Гулямов. В дальнейшем д.и.н. профессор Р.Г. Мукминова, д.и.н. А.Атаходжаев, д.и.н. и профессоры Э.Э.Каримов и Г.А.Агзамова, а также д.и.н., проф. Д.А.Алимова внесли большой вклад в его развитие, особенно в подготовке молодых специалистов, которые занимаются ключевыми проблемами средневековой истории Узбекистана.
Отдел истории Узбекистана второй половины XIX – начала XX веков (до 1917)
Отдел «История Узбекистана во второй половине XIX – начале XX вв.»
Отдел истории Узбекистана советского периода (1917-1991 гг.)
В первые годы независимости сотрудниками института Истории Узбекистана были изучены проблемы влияния Февральской революции и Октябрьского переворота 1917 года на общественно – политические и социально – политические процессы в Туркестане (Р.Я. Раджапова, Р.М. Абдуллаев, С. Агзамходжаев, И.А. Алимов, А.Х. Бабаходжаев, Ҳ.Ш. Иноятов, Р.А. Нуруллин, К.К. Раджабов и др.).
Отдел историографии и источниковедения
Историческая наука, в отличие от многих других, отличается пристальным вниманием к своей собственной истории. Со временем история исторической науки выделилась особое научное направление, а в изучении истории - в одну из важнейших специальных исторических дисциплин, вторая получила название историография.
Отдел Этнологии и Антропологии
Отдел (сектор) этнографии был создан в Институте истории и археологии АН РУз в 1943-м году, его первым руководителем был известный среднеазиатский этнолог М.С. Андреев, академик АН Узбекистана. В последующем этот отдел возглавляли д.и.н. О.А.Сухарева, д. и. н., проф., академик АН РУз К.Ш. Шаниязов, к. и. н. С. Мирхасилов, д. и. н. З.Х. Арифханова, к.и.н. Г.Ш. Зунунова. В настоящее время отдел возглавляет д.и.н. А.А. Аширов (с 2009 года).